국방 상부 구조(국방부·합동참모본부·각군본부) 개편의 중점은 △유사·공통 기능을 통폐합한 조직 슬림화 △방위력 개선 제도 및 절차 혁신 △국방 중기 계획과 예산 편성 기능 일원화 △작전 효율성 제고를 위한 지휘통제체계(C4I) 재편이다.

국방부 개편의 중점은 방위사업 관련 기능과 조직을 통합해 획득본부를 신설하는 것이다. 획득본부장에는 정무직 차관급 또는 현역 대장을 임명할 예정이다. 또 계획·예산·재정 기능을 일원화해 계획예산관으로 통합한다. 장관 정책보좌관은 국방정책실장으로 개칭해 직제화하고, 정책실에 남북 관계를 개선하려는 정책 의지 구현을 위해 대북협상전략과를 신설한다.

합동참모본부의 개편 중점은 상부 기능을 조정하는 데 따라 일부 기능을 국방부에 이관하고 통폐합하는 것이다. 이를테면 합참이 가진 시험 평가 기능과 조직은 국방부 획득본부로 이관하고, 지휘통신참모부가 개편되고 정보융합실이 신설된다. 또 군령권을 가진 합참의 전쟁 지도·보좌 기능과 작전기획·지원 기능이 보강된다.

육·해·공 각군 본부의 개편 중점은 상부 기능 조정에 따른 기능 보강·통폐합이다. 이를테면 각군 본부의 방위력 개선 집행 기능(기종 결정 및 집행 승인권)과 전투발전·화생방 기능 및 조직을 보강하고, C4I 기능을 통합해 지휘통신참모부를 신설한다. 육군은 전력기획참모부와 관리참모부를 기획관리참모부로 통합하고 분석평가실과 인사운영실을 신설한다. 해·공군은 정보체계실과 C4I처를 지휘통신참모부로 통합·신설한다.

방위력 개선사업의 개혁 중점은 △방위력 개선 목표 재조정 △정보화 시대에 부응한 획득개발 조직·제도 혁신 △국내 개발·생산 확대를 위한 국방과학기술 발전 △투명성·책임성·효율성 제고를 위한 군수 조달 개선을 통해 저가·고성능 장비를 적기에 배치하는 것이다. 이를 위해 기능과 조직이 분산된 방위력 개선사업의 협의체 위주 의사결정 구조와 책임 소재가 불명확한 기능별 사업 관리체제를 프로세스별 전담 체제로 바꾸어 책임과 권한을 부여한 통합관리형 조직으로 편성하는 것이다. 이를 위한 특단의 조처로 책임과 권한이 집중된 획득본부를 신설했다.
이에 따라 방위력 개선사업의 의사 결정 체계는 8개 협의회·위원회에서 4개 협의회·위원회로 단순화하고, 기능 통합과 위임 확대로 획득 절차는 24단계로 단축된다. 또 무기·정보 체계를 획득 체계로 일원화하고, 획득본부에 CIO(고위정보관리) 기능을 부여해 무기·정보 체계 획득 업무를 통합하고 일관성 있게 업무를 추진토록 했다.

이밖에 연구개발·국외 도입 사업은 사업 실명제를 실시해 전문성과 책임성을 강화한다. 이를 위해 획득본부에 분석평가국을 신설해 사업의 사전·사후 분석 평가 기능을 강화하고, 무기 가격 정보 수집 창구를 일원화한다. 이에 따라 가격 정보·조정·통제 기능은 획득본부가 맡고 가격·비용 정보를 종합 분석하는 비용분석센터를 99년 1월에 설치한다.
군의 ROC(작전 소요 성능) 설정 및 검증 체계를 보완하고 획득 부서에 ROC 보완 재량권을 부여한다. 이에 따라 합참이 전담했던 소요 기획 기능을 작전 운용 요소를 고려한 소요 기획 기능(합참)과 기술 요소를 고려한 획득 계획 기능(획득 부서)으로 분리한다. 또 무기 체계 시험 평가 기능과 절차를 간소화해 시험 평가 업무를 합참에서 획득본부로 이관한다.

국방비 5% 이상 연구 개발에 투자

방위산업 경쟁력 확보와 기반 강화를 위해서는 현재 대기업들이 과당 경쟁하고 있는 대규모 투자 사업을 전담 체계화한다. 이를 위해 평가팀을 구성해 대상 업체들의 능력을 평가하고 기존 업체를 축소·조정한다. 또 중소·벤처 기업의 방산 참여 확대와 진입 장벽 완화를 위해 무기 체계의 △핵심 부품은 20% 이내 전담 체제 △중소기업 보호 품목은 20∼30% 중소기업간 경쟁 체제 △일반 품목은 50∼60% 완전 경쟁 체제를 유지한다.

이밖에 국방과학기술을 발전시키기 위해 국방과학연구소는 첨단 무기와 핵심 기술 분야에 연구 개발을 집중하고, 일반 무기와 기술 분야는 업체 개발 체계로 전환한다. 또 연구 개발 투자를 국방비의 5% 이상으로 끌어올리고 국과연의 연구 개발 사업에 과제운영제도(PBS)를 도입한다.

군수 조달 제도 개선은 조달 업무의 투명성을 확립하고 외자 가격 정보의 획득 기능을 강화하는 데 주안점을 둔다. 이에 따라 조달등록제도 및 업체 실태 조사를 전면 폐지하고 원가 산정·계약 실명제를 시행한다. 또 외자 가격정보 획득의 인터넷 활용 체제를 구축하고, 외자 협상력 강화를 위해 국제 계약 전문 변호사와 법률회사(로 펌), 민간 전문가 등을 통한 아웃소싱(Out-Sourcing)을 활용한다. 이를 위해 국방 조달의 정책 기능은 획득본부가 수행토록 하고, 국방조달본부는 집행 기능만 수행하는 국방조달관리소(가칭)로 변경한다. 또 국방품질관리연구소도 연구 기능이 없는 국방품질관리소로 개편해 조직(40%)과 인력(20%)을 감축한다.